目次
医療費控除とセルフメディケーション税制の違いと選び方｜条件・計算・判断フローを解説
「医療費が10万円に届かなかった」「市販薬をよく買うけど控除できる？」——そんな疑問に答えます。医療費控除とセルフメディケーション税制は、仕組みも条件もまったく異なる別の制度です。どちらが有利かは年によって変わるため、毎年比較して申告することが節税の基本です。
- 医療費控除は家族合算で10万円超が条件。幅広い費用が対象になる
- セルフメディケーション税制は12,000円超から使えるが、適用に3つの条件がある
- 2つは選択適用。同じ年に両方は使えない
- 給与所得者は職場健診でセルフメディケーション税制の取り組み要件を満たしやすい
- 公務員は共済組合の附加給付が控除額の計算に影響する点に注意
医療費控除の基本
1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が一定額を超えた場合に、超えた分を所得から差し引ける制度です。所得が減ることで所得税と住民税の両方が下がり、払いすぎた税金が還付されます。手続きは年末調整ではできないため、確定申告が必要です。
※総所得金額が200万円未満の場合は「10万円」→「総所得金額×5%」
生計を一にする家族全員分の医療費を合算できます。自分一人では10万円に届かなくても、配偶者・子ども・親の分をまとめると超えることがあります。領収書は年間を通じて家族分まとめて保管しておきましょう。
| 費用の種類 | 対象 | 備考 |
|---|---|---|
| 病院・クリニックの診察費 | ○ | 自己負担分のみ |
| 処方薬（薬局） | ○ | 処方箋によるもの |
| 市販薬（治療目的） | ○ | 風邪薬・胃腸薬など |
| 通院交通費（電車・バス） | ○ | 自家用車ガソリン代は原則× |
| 歯科治療（インプラント含む） | ○ | 審美目的のみは× |
| 健康診断・人間ドック | △ | 異常発見→治療に繋がった場合のみ○ |
| 予防接種・サプリメント | × | 治療目的でないため対象外 |
| 美容整形・審美歯科 | × | 医療目的外 |
📌 公務員が加入する共済組合には「附加給付」があり、高額療養費に加えてさらに自己負担を軽減してくれます。この補填額は医療費控除の計算時に差し引く必要があります。年度末に送られる「医療費のお知らせ」で確認してください。
セルフメディケーション税制の基本と3つの条件
セルフメディケーション税制は、医療費控除の「特例」として2017年に始まった制度です。対象のOTC医薬品（市販薬）を年間12,000円以上購入した場合に、超えた分（上限88,000円）を所得から控除できます。
ただし適用には次の3条件をすべて満たす必要があります。
自分自身が、申告する年に以下のいずれかを受けていることが必要です。
- 定期健康診断（勤務先が実施するもの）
- 特定健康診査（メタボ健診）
- がん検診・人間ドック
- 予防接種（インフルエンザ等）
労働安全衛生法により、事業主には従業員への定期健康診断実施が義務付けられています。そのため会社員・公務員を問わず、職場の健診を毎年受けている給与所得者はこの条件を満たしやすい立場にあります。申告時に証明書の提示を求められる場合があるので、問診票の控えや受診通知は保管しておきましょう。
すべての市販薬が対象になるわけではありません。もともと医療用として使われていた成分を含む「スイッチOTC医薬品」に限られます。ドラッグストアや薬局のレシートに「★」「セルフメディケーション税制対象」の記載がある商品が該当します。
身近な対象品の例として、風邪薬・解熱鎮痛剤・花粉症薬・胃腸薬・湿布などがあります。購入のたびにレシートを封筒にまとめておくと年末の集計がスムーズです。
セルフメディケーション税制は医療費控除の特例のため、同じ年に両方を使うことはできません。どちらか有利なほうを選んで確定申告します。年によって医療費の状況が変わるため、毎年計算して判断することが大切です。
⚠️ レシートや健診の証明書は、申告後も5年間保管が必要です。税務署から提示を求められることがあります。
2つの制度を比較する
| 比較項目 | 医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 控除の対象 | 病院・処方薬・市販薬・交通費など幅広く | 対象OTC医薬品のみ |
| 控除が始まる金額 | 支払額 − 10万円 | 購入額 − 12,000円 |
| 控除上限額 | 200万円 | 88,000円 |
| 家族分の合算 | ○ できる | ○ できる |
| 健診等の取り組み | 不要 | 必要 |
| 手続き | 確定申告 | 確定申告 |
| 向いているケース | 入院・手術・歯科など大きな医療費があった年 | 病院にはあまり行かないが市販薬をよく買う |
どちらを選ぶべき？判断フロー
公務員が注意すべき2つのポイント
公務員が加入する共済組合には「附加給付」制度があり、高額療養費制度に加えてさらに自己負担を軽減してくれます。この附加給付で補填された金額は、医療費控除の計算時に差し引く必要があります。
年度末に共済組合から送られる「医療費のお知らせ」に補填額が記載されているため、申告前に必ず確認してください。民間の医療保険から受け取った給付金も同様に差し引く必要があります。
公務員は基本的に職場の年末調整で税務手続きが完結しますが、医療費控除・セルフメディケーション税制はどちらも確定申告が必要です。申告期間は毎年2月16日〜3月15日ですが、還付申告（税金を取り戻す申告）は1月から手続き可能です。
マイナポータルと連携すると医療費データを自動取得できるため、申告の手間は以前より大きく減っています。
おわりに
医療費控除もセルフメディケーション税制も、申告しなければ自動的に節税にはなりません。どちらの制度も「領収書・レシートをためておく」という習慣が出発点です。
給与所得者は職場健診を毎年受けていればセルフメディケーション税制の取り組み要件を満たしやすく、市販薬のレシートを保管しておくだけで選択肢が広がります。2つの制度は同じ年に併用できないため、毎年どちらが有利かを計算してから申告してください。
- 医療費控除：家族合算で10万円超が条件。幅広い費用が対象で上限200万円
- セルフメディケーション税制：12,000円超から使えるが健診等の取り組みが必須
- 給与所得者は職場健診でセルフメディケーション税制の取り組み要件を満たしやすい
- 公務員は共済組合の附加給付を医療費控除の計算から差し引く必要がある
- どちらも確定申告が必要。年末調整では手続きできない
- 毎年どちらが有利か計算してから申告先を選ぶ
※本記事は2026年6月時点の情報をもとに作成しています。制度の内容は変更される場合があります。